L'endométriose peut être ovarienne, péritonéale, vésicale, intestinale, rectale, et parfois même, dans des formes rarissimes, ombilicale, pulmonaire ou cutanée . Il est également possible de développer de l'endométriose dans le muscle utérin. Dans ce cas, elle est appelée adénomyose en opposition à l'appellation "endométriose", qui est réservée aux localisations externes à l'utérus.
La gravité de chaque cas d'endométriose est évaluée par les chirurgiens selon les stades AFS (American Fertility Society).Plus le nombre et la taille des lésions et le nombre d'organes atteints sont élevés, plus le stade est élevé. Ainsi, une endométriose légère est associée généralement aux stades I et II et une endométriose sévère aux stades III et IV. On peut regretter que ce classement ne tienne pas compte d'autres facteurs, parmi lesquels la notion d'obturation des trompes ou la sensibilité au traitement médical contrairement à ce que fait la classification française FOATI (foyers de lésions ovaires, adhérences, trompes, inflammation).